Buya Syafii Maarif wafat pada hari Jumat, 27 Mei 2022, pukul 10.15 WIB di Yogyakarta dalam usia 86 tahun karena sakit sesak napas.
NU dan Muhammadiyah memiliki hubungan yang sangat baik. Periode awal Buya Syafii Maarif menjadi Ketua Umum PP Muhammadiyah pada tahun 1998, PBNU dipimpin K.H. Abdurrahman Wahid.
Pada tahun 1999, K.H. Hasyim Muzadi menjadi Ketua Umum PBNU. Para tokoh tersebut sering berdiskusi dan berdialog untuk menjaga kukuhnya paham kebangsaan di Indonesia.
