Lembaga pemerintah non-kementerian yaitu Badan Pusat Statistik, Badan Kepegawaian Negara, Lembaga Administrasi Negara, Badan Kependudukan dan Keluarga Berencana Nasional, Badan Narkotika Nasional, Badan Nasional Penanggulangan Bencana, Badan Nasional Penanggulangan Terorisme, Basarnas, Badan Informasi Geospasial, Bakamla, Lemhanas, Wantanas, Lembaga Kebijakan Pengadaan Barang/Jasa, Badan Riset dan Inovasi Nasional, BPOM.
Klaster 5
Lembaga non-struktural yaitu Komisi Pemilihan Umum, Bawaslu, Dewan Kehormatan Penyelenggara Pemilihan Umum, Pusat Pelaporan dan Analisis Transaksi Keuangan, Ombudsman RI, Komisi ASN, Badan Pembinaan Ideologi Pancasila, Badan Nasional Pengelola Perbatasan, Komisi Informasi Pusat, Komite Kebijakan Industri Pertahanan dan Dewan Pertimbangan Otonomi Daerah
Sedangkan kelembagaan yang tidak dipindahkan karena mempertimbangkan peran, tugas, dan fungsi yang penyelenggaraannya akan lebih optimal jika tidak dipindahkan yaitu Arsip Nasional Republik Indonesia (ANRI), Badan Standardisasi Nasional (BSN), BMKG, Badan Pengawas Tenaga Nuklir (Bapeten), Perpusnas, Komisi Pengawas Persaingan Usaha (KPPU), Komnas HAM, Komnas Perempuan, Komisi Perlindungan Anak Indonesia (KPAI), Lembaga Perlindungan Saksi dan Korban (LPSK).
Selanjutnya SKK Migas, BP Batam, Badan Koordinasi Penataan Ruang Nasional (BKPRN), Badan Pelindungan Pekerja Migran Indonesia (PB2MI), Badan Amil Zakat Nasional (Baznas), Badan Perlindungan Konsumen Nasional, Komite Preofesi Akuntan Publik.
Kemudian Badan Pertimbangan Kesehatan Nasional, Badan Pengawas Rumah Sakit, Lembaga Sensor Film, Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia, Konsil Kedokteran Indonesia, Konsil Tenaga Kesehatan Indonesia, Konsil Keperawatan Indonesia dan Dewan Sumber Daya Air Nasional.
"Superhub" ekonomi
Selain melakukan pemindahan ASN, IKN juga tetap melakukan kegiatan ekonomi. IKN dimaknai sebagai "superhub" ekonomi melalui strategi tiga kota (IKN, Balikpapan, dan Samarinda) membentuk segitiga pembangunan ekonomi.
IKN diharapkan mendorong inovasi, seperti biosimilar dan vaksin, protein nabati, nutraceutical, dan energi baru terbarukan (EBT). IKN menjadi basis untuk "Smart City" dan layanan digital, pendidikan abad ke-21, serta pariwisata kota, bisnis, dan kesehatan.
Samarinda nantinya akan menjadi "jantung" dengan sektor pertambangan, minyak, dan gas menjadi sektor energi yang baru, rendah karbon, dan berkelanjutan.
Sedangkan Balikpapan akan menjadi "otot" pembangunan ekonomi Tiga Kota dengan memanfaatkan pusat logistik dan layanan pengirimannya yang telah mapan untuk sektor-sektor berorientasi impor dan ekspor. Balikpapan juga menampung klaster petrokimia dan membantu mendorong diversifikasi produk dari minyak dan gas hulu menjadi berbagai turunan petrokimia hilir.
