Karier awal militer Tonny mulai dari dia berpangkat letda sampai Kapten dihabiskan di Skadron Udara 3 Pangkalan Udara (Lanud) Iswahyudi, Madiun, Jawa Timur. Skadron Udara 3 merupakan satuan tempur buru sergap yang saat ini menjadi markas pesawat tempur F-16 Fighting Falcon. Tidak hanya mampu menerbangkan F-16, Tonny juga dapat mengawaki Sukhoi Su-27/30, dan Hawk MK-53.
Tonny, saat masih berdinas di Skadron Udara 3 dan berpangkat kapten pernah menunjukkan aksi heroiknya saat memimpin misi “mengusir” lima pesawat F/A-18 Hornet Angkatan Udara Amerika Serikat (US Navy) yang masuk wilayah Indonesia tanpa izin, tepatnya di atas perairan Kepulauan Bawean, Kabupaten Gresik, Jawa Timur, pada 3 Juli 2003. Lima pesawat asing itu terpantau radar TNI AU masuk wilayah Indonesia tanpa izin dan bermanuver seperti layaknya latihan tempur.
Dua pesawat F-16 dari Lanud Iswahyudi kemudian dikerahkan untuk mengidentifikasi lima pesawat asing itu. Dua pesawat itu, masing-masing diawaki oleh Kapten Pnb Ian Fuadi/Kapten Fajar Adrianto, dan Kapten Pnb Tonny Harjono/Kapten Pnb Satrio Utomo.
Dua pesawat itu, yang dilengkapi dua rudal AIM-9 Sidewinder dan 450 butir amunisi senapan mesin kanon kaliber 20 mm, kemudian terbang dan langsung disambut oleh dua pesawat F/A-18 Hornet AS. Di udara, pesawat tempur TNI AU dan US Navy bermanuver dan saling berupaya untuk mengganggu radar (jamming) satu sama lain. Pesawat-pesawat tempur itu juga saling bermanuver ketat dalam jarak yang tipis, hingga akhirnya salah satu pesawat Indonesia menunjukkan sinyal/gesture bahwa mereka bukan pesawat musuh.
Kontak antara dua pihak pun terjadi. Penerbang F-18 Hornet menyatakan mereka terbang di atas perairan internasional, yang kemudian direspons oleh penerbang TNI AU bahwa mereka memasuki wilayah udara Indonesia. Penerbang F-16 TNI AU itu pun meminta pesawat asing tersebut untuk melaporkan status mereka ke ATC terdekat, yaitu ATC Bali.
Kemudian, pesawat F-18 US Navy itu pun melaporkan aktivitasnya ke ATC Bali, yaitu mereka terbang di wilayah udara Indonesia untuk mengawal armada US Navy, yaitu kapal induk USS Carl Vinson, dua fregat, dan satu destroyer yang berlayar di perairan antara Pulau Madura dan Pulau Kangean menuju Selat Lombok.
TNI AU kemudian lanjut mengintai aktivitas kapal dan pesawat asing itu di perairan Indonesia, yang hasil pengintaian itu pun menjadi dasar protes Indonesia ke AS. Kedutaan Besar AS di Jakarta kemudian meminta maaf atas insiden tersebut, dan berjanji untuk melaporkan kegiatan/aktivitas mereka selama melintas di wilayah Indonesia.
Selepas berdinas di Skadron Udara 3 Lanud Iswahyudi, Tonny lanjut bertugas di Lanud Adisucipto sebagai instruktur penerbang. Dia kemudian mulai mengemban jabatan strategis sebagai Komandan Skadron Udara 11 Lanud Sultan Hasanuddin pada 2009–2011, kemudian Komandan Lanud Timika, Kepala Dinas Operasi Lanud Hasanuddin, dan Komandan Wing 5 Lanud Sultan Hasanuddin pada 2013–2014.
