Mengawali kiprahnya pada Indonesia Soccer Championship 2016, Madura United menutup musim perdananya dengan menghuni posisi ketiga. Mereka kemudian mengakhiri musim keduanya, yakni Liga 1 2017, dengan berada di posisi keenam.
Pencapaian Madura makin memburuk pada Liga 1 2018 dengan berada di posisi kedelapan pada klasemen akhir. Sebelum kemudian mereka memperbaiki pencapaiannya dengan menduduki posisi kelima pada Liga 1 2019.
Pada liga perdana pasca pandemi COVID-19, yakni musim 2021/2022, posisi akhir Madura semakin merosot dengan berada di posisi kesembilan. Semusim berselang, Madura kembali menanjak dengan menduduki posisi kedelapan pada akhir musim 2022/2023.
Jadwal semifinal Liga 1 2023/2024:
Leg pertama
Selasa (14/5): Bali United vs Persib Bandung
Rabu (15/5): Madura United vs Borneo FC
Leg kedua
Sabtu (18/5) Persib Bandung vs Bali United
Minggu (19/5): Borneo FC vs Madura United
Berita ini telah tayang di Antaranews.com dengan judul: Melirik sejarah pencapaian empat tim peserta Championship Series