Selanjutnya, mengoordinasikan antarpenegak hukum dalam penanggulangan terorisme; mengoordinasikan pemulihan korban; merumuskan, mengoordinasikan, dan melaksanakan kebijakan, strategi, dan program nasional penanggulangan terorisme di bidang kerja sama internasional.
BNPT juga menjadi pusat analisis dan pengendalian krisis yang berfungsi sebagai fasilitas bagi Presiden untuk menetapkan kebijakan dan langkah penanganan krisis, termasuk pengerahan sumber daya dalam menangani terorisme.