Pada 16 Desember 2002, di Istana Bogor, Presiden RI Ke-5 Megawati Soekarnoputri dan Perdana Menteri Singapura Goh Chok Thong melakukan pertemuan bilateral guna membahas hal terkait pengembangan kerja sama kedua negara di segala bidang.
Salah satu hasil pertemuan tersebut adalah tercapainya kesepakatan bahwa Indonesia dan Singapura akan menyusun rencana aksi pembentukan perjanjian ekstradisi Indonesia dan Singapura.
Pada 27 April 2007, bertempat di Istana Tampaksiring, Bali, Menteri Luar Negeri Indonesia Hasan Wirajuda dan Menteri Luar Negeri Singapura George Yeo menandatangani perjanjian ekstradisi Indonesia dan Singapura yang disaksikan oleh Presiden Indonesia Susilo Bambang Yudhoyono dan Perdana Menteri Singapura Lee Hsien Loong.
Namun perjanjian ekstradisi Indonesia dan Singapura yang ditandatangani pada 2007 tersebut tidak dapat diberlakukan oleh kedua negara karena pemerintah Indonesia dan Singapura belum meratifikasi perjanjian tersebut.
Selanjutnya, pada 8 Oktober 2019 digelar Leaders' Retreat Indonesia dan Singapura guna membahas kembali tentang persetujuan penyesuaian batas wilayah informasi penerbangan Indonesia dan Singapura (Realignment Flight Information Region/FIR) dan perjanjian kerja sama keamanan.
