Keaktifannya dalam organisasi yang menyuarakan kemerdekaan Indonesia ternyata berdampak ke keluarga Raden Gatot Taroenamihardja. Keluarganya mengalami pemerasan dan ancaman oleh Belanda yang meminta mereka menghentikan pengiriman biaya sekolah.
Ancaman tersebut tidak menggetarkan perjuangan Raden Gatot Taroenamihardja untuk menempuh pendidikan dan untuk membiayai hidup. Memilih bekerja bekerja sebagai pesuruh di toko roti kota Brussel, Belgia.
Tahun 1927, Raden Gatot Taroenamihardja pun pernah ditangkap dengan alasan tidak memberikan laporan kesehatan untuk kegiatan wajib militer Belanda. Namun, di tahun yang sama ia mampu menyelesaikan sekolah hukumnya dan kembali ke Indonesia untuk menjadi Penasehat Hukum/ Advokad bagi orang pribumi Indonesia di Cirebon dan Tegal.
Setelah kembali ke Indonesia dan bekerja, Raden Gatot Taroenamihardja bergabung dalam Partai Nasionalis Indonesia Staatspartij. Keaktifannya dalam organisasi tersebut, membuat dirinya kembali ditangkap oleh Belanda bersama Bung Karno dan Bung Hatta pada Tahun 1929.
Baca juga: Relawan Jokowi minta Jaksa Agung fokus penegakan hukum, abaikan pengganggu
Pada masa penjajahan Jepang, Raden Gatot Taroenamihardja menjadi Tihoo Hoin atau Hakim Ketua di Pengadilan Negeri Purwokerto. Hingga pada tanggal 19 Agustus 1945, Pembentukan Kabinet Pertama, dimana Raden Gatot Taroenamiharja diangkat menjadi Jaksa Agung Republik Indonesia yang pertama.
Ia pun dilantik sebagai Jaksa Agung Republik Indonesia tanggal 5 September 1945. Namun, hanya 19 hari menjabat, Raden Gatot Taroenamiharja mengundurkan diri dari jabatannya.
Bulan Maret 1946, Raden Gatot Taroenamiharja ditangkap dan ditahan selama satu bulan oleh Perdana Menteri Syahrir, karena dianggap menentang negosiasinya dengan Belanda.
Kemudian setelahnya, Raden Gatot Taroenamiharja menjadi Penasehat Hukum Gerilja Wehrkreise Gunung Slamet di Banyumas Utara, dan mendapat tugas menemui pemimpin Darul Islam, Kartosuwirjo. Sayangnya, kedatangannya berbuah penahanan yang dilakukan Darul Islam selama 13 bulan.
Penyanderaan yang dialami Raden Gatot Taroenamiharja membuatnya menderita penyakit busung lapar dan penyakit lainnya.
