Andi Widjajanto menempuh pendidikan Hubungan Internasional di Universitas Indonesia (UI) pada 1996 dan menjadi pengajar tetap di kampus tersebut.
Dia juga memperoleh gelar sarjana di School of Oriental and African Studies (SOAS) University of London dan mendapatkan gelar Master of Science (M.Sc) dari London School of Economics and Political Science (LSE) dan Industrial College of Armed Forces di Washington D.C Amerika Serikat.
Baca juga: Jokowi berencana tunjuk Kepala dan Wakil Kepala Otorita IKN
Selanjutnya, dia masih mengejar gelar doktor di bidang hubungan internasional di S. Rajaratnam School of International Studies (RSIS) di Singapura.
Pria kelahiran September 1971 tersebut pernah menjadi Deputi Tim Transisi pemerintahan Joko Widodo-Jusuf Kalla (JK), yang bertugas untuk mempersiapkan transisi pemerintahan dari Presiden SBY ke Jokowi-JK.
Sejak 2016, Andi diangkat menjadi Penasihat Senior Kepala Staf Kepresidenan sejak 2016.
Baca juga: Presiden Jokowi minta Basarnas perkuat kolaborasi dan mitigasi kebencanaan
