Setelah gantung sepatu, Bejo melanjutkan berkarier sebagai pelatih, yang diawali dengan melatih Persik Kediri pada musim 2016–2017.
Pengalaman itu kemudian membawanya kembali ke Persebaya dengan menjadi asisten pelatih pada 2018. Pada 2019, Bejo dipercaya mengisi posisi pelatih sementara.
Kariernya terus berlanjut hingga menangani Serpong City FC di Liga 3 pada musim 2023–2024.
Terbaru, Bejo ditunjuk sebagai pelatih kepala Deltras Sidoarjo untuk musim 2024–2025, dengan harapan mengangkat prestasi klub kebanggaan Sidoarjo itu.
Selama kariernya, Bejo telah mengukir sejumlah prestasi. Bersama Persebaya, ia meraih gelar Juara Liga Indonesia Premier Division pada musim 1996–1997 dan 2004, serta Juara Liga Indonesia First Division pada 2006.
Di level internasional, Bejo mengantarkan Indonesia meraih medali perak SEA Games 1997, medali perunggu SEA Games 1999, dan juara Piala Kemerdekaan Indonesia pada 2000.
Dengan segudang pengalaman dan prestasi tersebut, Bejo tetap menjadi figur penting dalam sepak bola Indonesia. Dedikasi dan konsistensinya menjadikannya panutan bagi para pemain muda dan disegani di lapangan hijau.
