Setelah menurunkan semua penumpang, pesawat melanjutkan penerbangan kembali pada pukul 00:05 Universal Time Coordinated (UTC) menuju Jakarta dengan nomor penerbangan BTK6723.
Total penumpang yang berada di pesawat menuju Jakarta itu tercatat sebanyak 153 orang.
Saat pesawat mencapai fase ketinggian jelajah 36 ribu kaki (cruising), pilot dan kopilot melepas headset dan volume pengeras kokpit dinaikan.
Saat itu pilot meminta izin kepada kopilot untuk beristirahat, dan kopilot mengambil alih tugas pilot sementara waktu.
Beberapa saat kemudian, pilot pun tertidur dengan kopilot yang masih terjaga mengambil alih tugasnya.
Selang beberapa waktu, pilot terbangun dan menawarkan kepada kopilot apakah dia ingin beristirahat, namun kopilot menolaknya.
“Kedua pilot kemudian melakukan percakapan non-tugas selama sekitar 30 detik dan kemudian PIC (pilot) melanjutkan untuk tidur. SIC (kopilot) mengetahui bahwa PIC sedang tidur dan melanjutkan tugasnya baik sebagai pilot maupun kopilot,” jelas laporan pendahuluan yang ditandatangani Soerjanto Tjahjono.
Saat detik-detik penerbangan inilah, koordinasi antara kopilot ACC wilayah Jakarta seharusnya terjalin.
Namun, pukul 01:43:42 UTC saat ACC Jakarta bertanya kepada kru pesawat, berapa lama pesawat itu terbang di jalurnya, tidak ada respons dari kru kokpit.
Kopilot ternyata tidak sengaja tertidur.
