Sedangkan unsur pelaksana operasi dan pembinaan, Pangkoarmada RI membawahi Pangkoarmada |, Pangkoarmada II Pangkoarmada III, Dankoopskasel, Dankoppeba, Dankolat, Dansatud, Dansatmar, dan Dandenintel.
Sebagai kotama operasional dan pembinaan yang wilayah kerjanya terbentang dari Sabang sampai Merauke dan dari Miangas hingga Pulau Rote, Koarmada RI memiliki 3 Koarmada yang bertanggung jawab membina dan mengoperasionalkan sistem senjata armada terpadu (SSAT) yang terdiri atas kapal perang (KRI), pesawat udara, Marinir, dan pangkalan.
Komando Armada I yang berkedudukan di Jakarta dipimpin Laksamana Muda TNI Arsyad Abdullah bertanggung jawab atas pembinaan dan operasional komandonya di wilayah Perairan Barat Indonesia yang terbentang dari Utara ke Selatan yang ditandai garis imajiner yang membelah Kalimantan Bagian Barat hingga Cirebon.
Komando Armada Il yang berkedudukan di Surabaya dipimpin Laksamana Muda TNI Iwan Isnurwanto bertanggung jawab atas pembinaan dan operasional komandonya di wilayah Perairan Bagian Tengah Indonesia yang ditandai oleh garis imajiner berbatasan dengan wilayah kerja Koarmada | di sebelah barat dan garis imajiner yang terbentang dari Utara ke Selatan di ALKI III.
Komando Armada III yang berkedudukan di Sorong dipimpin Laksamana Muda TNI Irvansyah bertanggung jawab atas pembinaan dan operasional komandonya di wilayah Perairan Timur Indonesia yang sebelah baratnya ditandai garis imajiner yang berbatasan dengan wilayah kerja Koarmada II di ALKI III.
